宫颈上皮内瘤变（CIN）的发生主要与高危型人乳头瘤病毒（HPV）持续感染密切相关，据统计，约90%以上的宫颈上皮内瘤变与高危型HPV感染有关。
高危型HPV持续感染
HPV的传播途径： 性行为是HPV的主要传播途径，有多个性伴侣、首次性行为年龄过小（如小于16岁）的人群，感染高危型HPV的风险会增加。比如，有研究发现，性活跃期的女性感染高危型HPV较为常见，而持续感染高危型HPV超过2年，就有可能引发宫颈上皮内瘤变。HPV的持续作用： 高危型HPV的病毒基因会整合到宿主细胞基因组中，干扰细胞正常的生长调控机制，使得宫颈上皮细胞异常增殖，逐渐发展为宫颈上皮内瘤变。
免疫功能低下
自身免疫缺陷人群： 像患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，身体的免疫系统无法有效清除HPV病毒，就更容易出现高危型HPV持续感染，进而增加宫颈上皮内瘤变的发生几率。例如，艾滋病患者由于免疫系统被严重破坏，对HPV的清除能力大幅下降。长期使用免疫抑制剂人群： 一些器官移植后需要长期使用免疫抑制剂来防止排斥反应的患者，其机体免疫力受到抑制，对HPV的抵御能力减弱，也容易导致高危型HPV持续感染，引发宫颈上皮内瘤变。
其他相关因素
吸烟： 吸烟会影响机体的免疫功能，降低局部免疫力，使得宫颈对HPV的防御能力下降。有研究表明，吸烟女性发生宫颈上皮内瘤变的风险比不吸烟女性要高。烟草中的尼古丁等有害物质会干扰免疫系统对HPV的清除作用，增加宫颈上皮内瘤变的发生可能性。口服避孕药使用时间： 长期口服避孕药（使用5年以上）也可能与宫颈上皮内瘤变的发生有一定关联。口服避孕药中的某些成分可能会影响宫颈局部的微环境，改变宫颈上皮细胞的代谢等，从而增加宫颈上皮内瘤变的风险，但具体机制还在进一步研究中。