多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素和环境因素共同作用有关。有研究显示，约60% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性成员患病的风险会相对增高。比如母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的概率比正常人群要高很多。遗传因素可能通过影响基因表达等方式，使个体更容易出现内分泌紊乱等情况，从而引发多囊卵巢综合征。
内分泌失调相关
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素脉冲频率异常，会导致垂体分泌的促黄体生成素（LH）和促卵泡生成素（FSH）比例失调，通常表现为LH水平升高，FSH水平相对正常或降低。这种比例失调会影响卵巢的正常排卵功能，使得卵巢不能正常排出成熟卵子，进而出现一系列多囊卵巢综合征的表现，如月经不调、排卵障碍等。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，导致高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢雄激素的分泌增加，抑制肝脏性激素结合球蛋白的合成，使游离雄激素增多，从而引起多毛、痤疮等症状，同时也会进一步干扰排卵等过程。
环境因素影响
生活方式因素： 长期的高热量饮食、缺乏运动等不良生活方式可能诱发多囊卵巢综合征。例如，经常摄入高脂肪、高糖的食物，加上运动量过少，会导致体重增加，尤其是腹部肥胖，而肥胖又是加重胰岛素抵抗等情况的重要因素，进而增加患多囊卵巢综合征的风险。另外，长期精神压力过大也可能影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能，导致内分泌紊乱，引发多囊卵巢综合征相关表现。