肛瘘的治疗方法需根据具体病情来定，一般来说手术是主要的治疗手段，且手术方式有多种。比如低位单纯性肛瘘，可通过瘘管切开术来治疗，这种手术相对简单，术后恢复相对较快。
手术治疗方式
瘘管切开术： 适用于低位肛瘘，手术是将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。此方法操作相对简单，对肛门功能影响较小。挂线疗法： 常用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线过程中能逐渐引起组织纤维化，使切断的肌肉与周围组织粘连，防止突然切断肌肉引起肛门失禁。一般需要10 - 14天左右挂线脱落。
非手术治疗情况
药物治疗： 急性发作期可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗只能暂时缓解症状，不能根治肛瘘，通常作为手术前后的辅助治疗。一般在急性炎症期，可短期应用抗生素控制炎症。坐浴： 可用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，能清洁肛门局部，促进血液循环，减轻炎症反应，缓解疼痛等症状。但坐浴只能起到辅助作用，不能治愈肛瘘。
术后护理要点
创面清洁： 术后要保持肛门局部清洁，每次排便后都应进行坐浴，尤其是排便后，防止粪便残留污染伤口。坐浴时间一般每次15 - 20分钟左右。饮食调整： 术后要注意饮食，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘，因为便秘会增加伤口的张力，影响愈合；同时要避免吃辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免刺激伤口，引起疼痛和出血。一般建议术后多摄入蔬菜，每天保证摄入300 - 500克左右的蔬菜。