真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，皮肤真菌感染较为常见，比如足癣，也就是俗称的“脚气”，患者会出现脚部瘙痒、脱皮、起水疱等症状，水疱破裂后可能还会有糜烂、渗液的情况，通常单侧脚先发病，之后可能传染到对侧。
皮肤真菌感染症状
皮肤红斑水疱： 像体癣，会在皮肤上出现环形或多环形的红斑，边缘有丘疹、水疱，中心趋于消退，伴有不同程度的瘙痒。而且皮疹会逐渐向外扩展，面积可能慢慢增大。皮肤角化增厚： 手癣的慢性阶段常表现为手掌皮肤角化增厚，干燥、脱屑，冬季容易皲裂，疼痛明显，影响手部的正常活动。
浅部真菌感染症状
头癣症状： 儿童比较容易患头癣，会出现头皮瘙痒、脱发，头皮上有鳞屑、丘疹，严重的可能会有脓疱，还能闻到特殊的臭味。而且病发容易折断，留下参差不齐的残发。甲真菌感染症状： 甲真菌病也就是灰指甲，患病的指甲会变色，失去光泽，变得混浊、增厚，表面凹凸不平，指甲与甲床分离，严重时指甲会变形、碎裂。
深部真菌感染症状
肺部真菌感染症状： 肺部真菌感染可能会有咳嗽、咳痰，有的痰中带血，还可能伴有发热，体温可高可低，一般在38℃左右，也有患者会出现呼吸困难等症状。如果是严重的肺部真菌感染，还可能影响呼吸功能，导致血氧饱和度下降。消化道真菌感染症状： 消化道真菌感染时，可能会有腹痛、腹泻，大便性状改变，比如出现稀便、黏液便等，还可能伴有恶心、呕吐，影响进食，导致患者营养状况变差。