真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如皮肤真菌感染，常见的体癣，会出现环状的红斑，边缘有丘疹、水疱，伴有瘙痒，约有30% - 50%的体癣患者会有明显瘙痒症状。
皮肤真菌感染症状
皮肤红斑丘疹： 像手足癣，手部真菌感染初期可能出现手指间皮肤发白、起疱，之后发展为红斑、脱屑；脚部真菌感染则多从脚趾间开始，出现红斑、水疱，伴有剧烈瘙痒，尤其在捂脚后症状易加重。皮肤增厚粗糙： 慢性的皮肤真菌感染，比如角化型足癣，会使皮肤增厚、粗糙、皲裂，走路时可能会疼痛，严重影响日常活动。
口腔真菌感染症状
口腔白色斑块： 最常见的是念珠菌性口炎，在口腔黏膜上会出现白色的伪膜，不易擦去，强行擦去后会留下出血创面。口腔疼痛不适： 患者会感觉口腔有灼热感、疼痛，尤其在进食刺激性食物时疼痛加剧，约有20% - 30%的念珠菌性口炎患者会有疼痛表现。
肺部真菌感染症状
咳嗽咳痰： 肺部真菌感染引起的咳嗽，多为干咳或伴有少量白痰，部分患者会有黏液脓性痰。如果是侵袭性肺曲霉病，咳嗽可能较为剧烈，有时会伴有咯血。发热： 多数患者会出现发热症状，体温一般在38℃左右，也有部分患者体温可高达39℃以上，约50% - 70%的肺部真菌感染患者会有发热情况。
深部组织真菌感染症状（以系统性念珠菌病为例）
全身不适： 患者会感到乏力、疲倦、食欲减退等全身症状。器官功能受损表现： 若累及泌尿系统，可能出现尿频、尿急、尿痛等膀胱炎症状；累及中枢神经系统，会出现头痛、呕吐、意识障碍等症状，严重时可危及生命。