人真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如皮肤真菌感染，常见的体癣，会出现圆形或椭圆形的红斑，边缘有丘疹、水疱，中央趋于消退，伴有不同程度的瘙痒，大约有30% - 50%的体癣患者会有瘙痒症状。
皮肤真菌感染症状
皮肤红斑丘疹： 像手足癣，手部真菌感染初期可能出现水疱，壁厚且发亮，可融合成大疱，之后干燥脱屑，边缘清楚，有炎症时会出现红斑。足部真菌感染常从一侧开始，先出现水疱、脱皮，随后糜烂、渗液，伴有异味和瘙痒，一般单侧发病，之后可能传染到对侧。皮肤增厚粗糙： 慢性的皮肤真菌感染，比如甲真菌病（灰指甲），指甲会变得浑浊、增厚、变色，指甲表面凹凸不平，质地变脆，生长缓慢，严重时指甲与甲床分离。
深部真菌感染症状（以肺部为例）
呼吸道症状： 肺念珠菌病可能有咳嗽、咳痰，痰可为白色黏液状或呈胶冻样，有的患者会有发热，体温一般在38℃左右，还可能伴有胸闷、气短等症状。肺曲霉病患者可能有干咳、胸痛，部分人会有咯血，发热多为低热或中度发热，少数为高热。全身症状： 深部真菌感染可能引起全身不适，比如发热、乏力、盗汗等。像系统性念珠菌感染，严重时会出现寒战、高热，体温可达39℃ - 40℃，还可能伴有恶心、呕吐、头痛等全身中毒症状。
黏膜真菌感染症状
口腔黏膜： 口腔念珠菌病（鹅口疮）多见于婴幼儿，口腔黏膜出现白色凝乳状斑膜，不易擦去，强行剥离后局部黏膜潮红、粗糙，可有溢血，患儿可能会有哭闹、拒食等表现。成人口腔念珠菌病也会有口腔黏膜充血、糜烂、白斑等，伴有疼痛、口干等症状。阴道黏膜： 外阴阴道假丝酵母菌病，主要症状是外阴瘙痒、灼痛，白带增多，白带呈白色稠厚呈凝乳或豆腐渣样，有的患者还会出现性交痛、尿痛等症状，瘙痒程度时轻时重，严重时坐立不安，影响睡眠和生活。