巩膜炎的病因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，自身免疫性疾病是引发巩膜炎的常见原因之一，比如约1/3的巩膜炎患者可能与类风湿关节炎等自身免疫性疾病有关。
自身免疫性疾病相关
类风湿关节炎： 类风湿关节炎是一种以侵蚀性、对称性多关节炎为主要临床表现的自身免疫性疾病，当累及眼部时，就可能引发巩膜炎。患者体内会产生异常的自身抗体，攻击关节及眼部等组织，从而导致巩膜出现炎症反应。系统性红斑狼疮： 系统性红斑狼疮是一种累及多系统多器官的自身免疫性疾病，患者体内存在多种自身抗体，可累及眼部，包括巩膜，引发巩膜炎。其发病机制与自身免疫紊乱导致的炎症介质释放，引起巩膜组织的炎症损伤有关。
感染因素导致
细菌感染： 某些细菌感染可能诱发巩膜炎，例如葡萄球菌感染。当葡萄球菌侵入眼部组织，尤其是巩膜部位时，会引发机体的免疫反应，导致巩膜出现炎症，表现为眼部的红肿、疼痛等症状。病毒感染： 单纯疱疹病毒感染也可能与巩膜炎的发生有关。病毒感染机体后，会在眼部组织中复制，激活免疫系统，引发炎症 cascade，进而影响到巩膜，导致巩膜炎的出现。
代谢性疾病关联
痛风： 痛风是由于嘌呤代谢紊乱和（或）尿酸排泄减少所致的一组异质性疾病。当血尿酸水平升高，尿酸盐结晶沉积在眼部组织包括巩膜时，会引起局部的炎症反应，从而导致巩膜炎的发生。患者血液中尿酸水平通常会高于正常范围，如男性血尿酸超过420μmol/L，女性超过360μmol/L等情况时，更易出现相关并发症包括巩膜炎。糖尿病： 长期患有糖尿病的患者，由于血糖控制不佳，会引起眼部的微血管病变等一系列并发症。高血糖环境有利于细菌等微生物的滋生，同时也会影响眼部组织的免疫功能，使得巩膜容易受到炎症侵袭，增加巩膜炎的发病风险。