巩膜炎的病因较为复杂，多种因素都可能引发。目前认为，大约50%左右的巩膜炎患者可能与自身免疫性疾病相关。
自身免疫性疾病相关
类风湿关节炎引发： 类风湿关节炎是常见的自身免疫性疾病，约有10%的类风湿关节炎患者会并发巩膜炎。这类患者体内的自身抗体攻击关节等组织的同时，也可能累及巩膜，导致巩膜出现炎症反应。系统性红斑狼疮导致： 系统性红斑狼疮患者体内存在多种自身抗体，约5% - 10%的系统性红斑狼疮患者会并发巩膜炎。自身抗体攻击全身多个系统和组织，巩膜也可能成为被攻击的目标，从而引发炎症。
感染因素引起
细菌感染相关： 肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等细菌感染可能引发巩膜炎。例如，当人体抵抗力下降时，肺炎链球菌可通过血液循环等途径到达巩膜部位，引起巩膜的炎症反应。一般来说，由细菌感染引起的巩膜炎，患者可能会出现眼部红肿、疼痛等症状较为明显的情况。病毒感染关联： 带状疱疹病毒、单纯疱疹病毒等感染也可能导致巩膜炎。比如，带状疱疹病毒感染后，病毒潜伏在神经节内，当机体免疫力下降时，病毒可再次活跃，侵犯巩膜组织，引发炎症。
局部蔓延所致
眼部邻近组织炎症蔓延： 当眼部的角膜、结膜等组织发生炎症时，炎症可能会蔓延至巩膜，引起巩膜炎。像严重的细菌性结膜炎，如果没有得到及时有效的治疗，炎症就有可能向深层的巩膜组织扩散，从而引发巩膜炎。眼部手术或外伤后的影响： 眼部进行手术或者受到外伤后，眼部组织的完整性被破坏，外界的病原体等容易侵入，或者眼部组织自身的修复反应异常，都可能导致巩膜炎的发生。例如，眼部外伤后，巩膜组织受到损伤，局部的免疫反应被激活，进而引发巩膜的炎症。