肛门半夜突然胀疼醒可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵裂后形成的感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。除了半夜突然胀疼醒外，还可能伴有周期性疼痛、肛门瘙痒等症状。
2.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，是肛瘘的前身。主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不明显。
3.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠癌破溃、感染后，常会出现肛门疼痛、下坠、大便次数增多等症状。
4.血栓性外痔：肛门缘皮下静脉破裂，血液淤积皮下形成圆形血肿，中医称为“血痔”。便后或剧烈运动后，肛门缘皮下忽然起一圆形或椭圆形肿块，病人感觉肛门部剧烈疼痛，活动或排便时疼痛加重。
5.内痔嵌顿：多因年老体弱、气血亏虚、中气不足，劳累过度等致肛管直肠部静脉迂曲、扩张、纡结，形成内痔。由于内痔核体积增大，排便时受到粪便的挤压，使其逐渐与肌层分离而脱出肛外，有时是便后自行脱出，有时是在咳嗽、劳累、负重等情况下脱出。脱出的内痔核受到括约肌的夹持，静脉回流受阻，而动脉血仍不断输入，使痔核体积不断增大，直至动脉血管被压闭，血栓形成，出现痔核变硬、疼痛，难以送回肛内。
6.外痔水肿：外痔发炎或皮下有血栓形成时，会感到肛门部疼痛，并有肿胀感。
7.其他：肛窦炎、肛乳头炎、直肠炎等炎症性病变，也可引起肛门胀痛。
如果出现肛门半夜突然胀疼醒的情况，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，避免久坐久立，饮食上应多吃蔬菜水果，多饮水，避免辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。