膝盖后面的窝蹲下起来后疼痛，可能与非病理因素、膝盖退变、半月板损伤、膝盖窝韧带损伤或劳损以及腘窝囊肿等有关。若症状短期内难以恢复，建议就医检查与治疗。具体如下：
一、非病理因素：长时间下蹲会对膝盖窝处血液循环产生影响，同时压迫神经，从而导致起来后出现疼痛症状。通常在伸直腿或活动后，可逐渐减轻并恢复，一般无需过多特殊治疗。
二、膝盖退变：膝盖出现退变，软骨变性引发骨质增生后，上下蹲活动会使增生骨质刺激局部软组织，进而引起膝盖后面的窝疼痛。可通过热敷、针灸、艾灸等理疗手段，配合使用非甾体类抗炎药物如双氯芬酸钠缓释胶囊来缓解症状。
三、半月板损伤：半月板损伤后，蹲下时会挤压受损半月板，起来时会出现膝盖响声且伴有膝盖窝疼痛。可口服软骨营养药物如盐酸氨基葡萄糖胶囊、硫酸氨基葡萄糖胶囊等进行治疗，必要时可进行关节腔穿刺注射玻璃酸钠。
四、膝盖窝韧带损伤或劳损：主要因膝盖窝韧带过度受力活动导致，蹲下起来时会牵拉劳损或损伤的韧带，表现为膝盖后面的窝蹲下起来后疼痛。可口服活血通络药物如仙灵骨葆胶囊、龙血竭胶囊等进行治疗，治疗期间需注意休息，避免损伤部位过度负重。
五、腘窝囊肿：与剧烈活动、久站久坐等因素有关，会使膝关节后方出现囊肿，蹲下起来后会牵扯局部软组织，从而导致膝盖后面的窝疼痛。可通过超声引导抽吸囊液来改善症状，也可行关节镜手术切除局部病灶。
总结提示：膝盖后面窝蹲下起来后疼痛的原因多样，要根据具体情况采取相应治疗措施。当症状持续不缓解时，应及时就医明确诊断并进行针对性治疗。