治疗肠炎的药物有多种，常用的如益生菌类药物，像双歧杆菌三联活菌胶囊等，一般能调节肠道菌群，对一些因菌群失调引起的肠炎有一定作用。
一、抗生素类药物
细菌感染引起的肠炎可能用到抗生素：如果是细菌感染导致的肠炎，常用的有诺氟沙星，它对肠道常见的一些细菌有抑制作用，但需要注意18岁以下的青少年禁用诺氟沙星，因为可能会影响软骨发育。还有头孢类抗生素，如头孢克肟，如果患者对头孢类药物不过敏，在医生判断细菌感染需要使用时可考虑，但使用前要确认无过敏史。
二、止泻类药物
蒙脱石散：这是常用的止泻药，它可以在肠道表面形成保护屏障，吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻作用。一般成人每次可以服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用，儿童根据年龄减量服用。不过如果是感染性肠炎，不能单纯止泻，需要配合抗感染等治疗。黄连素：也就是盐酸小檗碱，对于肠道细菌感染引起的肠炎有一定疗效，能起到抑菌作用，同时也有一定的止泻效果，不良反应相对较少，但也不能自行随意长期大量服用。
三、调节肠道功能类药物
曲美布汀：它可以调节肠道的运动功能，对于肠炎引起的肠道功能紊乱，如腹痛、腹泻或便秘等情况有一定的调节作用。它可以改善胃肠道运动功能紊乱引起的食欲不振、恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹痛、腹泻、便秘等症状，一般成人一次服用1 - 2片（具体剂量遵医嘱）。柳氮磺吡啶：主要用于炎症性肠病，如溃疡性结肠炎等，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸可能起到抗炎作用，但使用时要注意可能会引起过敏反应等，用药过程中需要监测血常规等指标。