治疗肠炎的药物有多种，常用的如柳氮磺吡啶，一般需要按疗程服用。
抗炎类药物
氨基水杨酸制剂：像柳氮磺吡啶，它可以抑制炎症反应，适用于轻、中度的溃疡性结肠炎等肠炎情况。糖皮质激素：例如泼尼松，对于重度的肠炎患者可能会用到，能快速减轻炎症，但长期使用可能有一些副作用，需在医生严格评估下使用。
微生态制剂
益生菌类：常见的有双歧杆菌四联活菌片等，这类药物可以调节肠道菌群，改善肠道的微生态环境，对于肠道菌群失调引起的肠炎有一定帮助。一般来说，它比较安全，适合多种肠炎伴随肠道菌群紊乱的情况。益生元：像低聚果糖等，能被肠道有益菌分解利用，促进有益菌生长，间接起到调节肠道功能、辅助治疗肠炎的作用。
止泻药物
蒙脱石散：它可以吸附肠道内的毒素和病菌，保护肠道黏膜，从而起到止泻的作用。成人每次可以服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用，儿童用量需根据年龄适当调整。复方地芬诺酯：能直接作用于肠道平滑肌，抑制肠道蠕动，达到止泻效果，但要注意不能长期大量使用，以免产生依赖性等问题。
抗菌药物
针对细菌感染的肠炎：如果是细菌感染引起的肠炎，可能会用到抗生素，如诺氟沙星等。不过诺氟沙星一般18岁以下青少年禁用，因为可能会影响骨骼发育。对于肠道感染的特定细菌，医生会根据药敏结果选择合适的抗菌药物。而如果是病毒感染引起的肠炎，一般不需要使用抗菌药物，主要是对症支持治疗。