黄体功能不全主要是由内分泌失调、子宫内膜异位症、高泌乳素血症等因素造成的。一般来说，内分泌失调是常见原因之一，比如女性体内的下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能出现紊乱，就可能影响黄体的正常发育和功能。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体功能异常：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素以及垂体分泌的促黄体生成素等出现分泌失调，会干扰黄体的形成和维持。例如，长期精神压力大、过度节食等情况，可能影响下丘脑功能，进而影响黄体功能。卵巢因素：卵巢本身的一些问题也会导致黄体功能不全。比如卵巢发育不良，会使黄体形成过程中所需的相关激素分泌不足。还有卵巢患有某些疾病，像多囊卵巢综合征，会影响卵巢的正常排卵和黄体功能。
子宫内膜异位症影响
内膜异位改变环境：子宫内膜异位症会改变子宫局部的内环境。异位的子宫内膜组织会影响黄体期子宫内膜的正常转化，使得子宫内膜对孕激素的反应性降低，从而影响黄体功能。而且子宫内膜异位症患者体内的一些细胞因子和炎症介质可能会干扰黄体的正常功能。免疫因素参与：子宫内膜异位症患者体内可能存在免疫功能异常，自身免疫系统可能会对黄体相关组织产生攻击，影响黄体的正常结构和功能。
高泌乳素血症作用
泌乳素水平升高：当体内泌乳素水平过高时，会抑制促黄体生成素的分泌。促黄体生成素对于黄体的正常发育和功能维持至关重要，其分泌受抑制后，黄体就容易出现功能不全的情况。例如，一些患有垂体泌乳素瘤的患者，泌乳素水平异常升高，就较易出现黄体功能不全的问题。