黄体功能不全是指卵巢排卵后形成的黄体内分泌功能不足，以致孕激素分泌不足，使子宫内膜分泌转化不足，从而影响受精卵着床或导致早期流产。造成黄体功能不全的原因主要有以下几方面：
内分泌调节异常
垂体分泌激素异常： 垂体分泌的促卵泡生成素、促黄体生成素等比例失调，会影响黄体的正常发育。比如，当促黄体生成素分泌不足时，就难以促使黄体正常分泌足够的孕激素。一般来说，这种内分泌调节的异常可能与垂体本身的病变或者下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的反馈机制紊乱有关。卵巢自身因素： 卵巢中的卵泡发育不良，会影响黄体的形成。例如，卵泡期卵泡刺激素分泌不足，会导致卵泡发育迟缓，进而影响排卵后黄体的功能。另外，卵巢存在某些病变，像卵巢子宫内膜异位症等，也会干扰黄体的正常功能，使得黄体分泌孕激素的能力下降。
子宫内膜因素
子宫内膜受体异常： 子宫内膜中的孕激素受体含量和功能异常时，即使黄体分泌了孕激素，子宫内膜也不能对孕激素产生正常的反应，从而影响受精卵的着床和维持妊娠。这种受体异常可能是先天性的，也可能是由于一些疾病导致的受体结构或功能改变。子宫内膜炎症等病变： 子宫内膜存在炎症、息肉等病变时，会影响子宫内膜的容受性，同时也可能干扰黄体分泌的孕激素对子宫内膜的调节作用，进而影响黄体功能。比如子宫内膜炎会使局部环境发生改变，不利于受精卵着床以及黄体功能的维持。
其他因素
精神心理因素： 长期处于精神紧张、焦虑、压力过大等状态下，会影响神经内分泌系统的功能，进而影响黄体功能。有研究发现，长期精神压力大的女性，黄体功能不全的发生率相对较高。不良生活方式： 过度吸烟、酗酒等不良生活方式也可能影响黄体功能。香烟中的尼古丁等成分以及酒精会干扰内分泌系统的正常调节，影响卵巢的功能，导致黄体分泌孕激素不足。比如长期大量吸烟的女性，卵巢功能受到影响的概率增加，黄体功能不全的风险也随之升高。