黄体酮功能不全主要是由多种因素导致的，比如内分泌因素，女性体内的激素调节出现紊乱，像促黄体生成素、促卵泡生成素等分泌异常，就可能影响黄体酮的合成与分泌，据研究，约有30% - 40%的黄体酮功能不全与内分泌调节失常有关；还有子宫因素，子宫内膜的某些病变或者异常，会影响黄体酮的作用发挥，比如子宫内膜异位症患者，发生黄体酮功能不全的概率相对较高；另外，一些全身性疾病也可能引发，像甲状腺功能减退症，会干扰体内的代谢和激素平衡，进而影响黄体酮功能。
内分泌因素相关
激素分泌失衡：促黄体生成素分泌不足时，会影响卵巢黄体的发育，从而导致黄体酮合成减少。正常情况下，促黄体生成素在月经周期的特定时期有正常的波动范围，若出现异常波动就可能引发问题。垂体功能异常：垂体分泌的一些激素异常，比如泌乳素过高，会干扰卵巢的正常功能，进而影响黄体酮的分泌，有研究发现约15%的黄体酮功能不全患者存在垂体泌乳素水平异常的情况。
子宫因素相关
子宫内膜病变影响：子宫内膜炎会改变子宫内膜的状态，使得其对黄体酮的反应性降低，影响黄体酮发挥作用来维持妊娠等功能。而且子宫内膜息肉等病变也可能干扰黄体酮的正常作用。子宫发育不良：子宫本身发育欠佳，其内膜对黄体酮的接受能力和反应性都会受到影响，这样就容易出现黄体酮功能不全的情况，据统计，约有20%的子宫发育不良女性存在黄体酮功能不全问题。
全身性疾病相关
甲状腺功能减退影响：甲状腺激素对身体的代谢、内分泌等多方面都有调节作用，甲状腺功能减退时，体内的激素平衡被打破，会影响到黄体酮的合成与调节。例如，甲状腺激素水平降低会导致下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能紊乱，进而影响黄体酮分泌。糖尿病影响：糖尿病患者如果血糖控制不佳，会影响身体的微循环和激素代谢，也可能波及黄体酮功能，有糖尿病合并黄体酮功能不全的患者占比约为5% - 10%左右。