孕酮降低可能由多种原因引起。比如胚胎因素，在早期妊娠中，约50% - 60%的自然流产是因为胚胎染色体异常，这时候可能伴随孕酮降低。
内分泌系统相关原因
黄体功能不全：卵巢的黄体分泌孕酮，如果黄体功能出现问题，就会导致孕酮合成不足从而降低。正常女性的黄体期一般是排卵后到月经来潮前，若黄体功能不全，孕酮水平会低于正常范围。垂体功能异常：垂体分泌的促性腺激素等会影响卵巢功能进而影响孕酮分泌。例如席汉综合征，是由于产后大出血导致垂体缺血坏死，垂体功能减退，促性腺激素等分泌减少，会引起孕酮降低。
疾病因素
甲状腺功能减退：甲状腺激素分泌不足会影响身体的代谢等多种功能，也会波及孕酮的分泌。研究发现，甲状腺功能减退患者中孕酮降低的发生率相对较高。肾上腺疾病：肾上腺皮质分泌的一些激素会参与孕酮的调节，若肾上腺有疾病，比如先天性肾上腺皮质增生症，会影响相关激素的分泌平衡，导致孕酮降低。
其他因素
药物影响：某些药物可能会影响孕酮的水平，比如长期使用糖皮质激素等药物，可能会干扰体内激素的正常代谢，从而导致孕酮降低。生活方式：长期熬夜、过度劳累等不良生活方式也可能影响内分泌系统，进而影响孕酮分泌。有研究表明，长期作息不规律的女性，孕酮水平相对更容易出现异常降低的情况。