怀孕三个月头疼的原因主要有妊娠反应、感冒（包括外感风寒引起的风寒感冒和外感风热引起的风热感冒）等，需明确诊断后对症治疗。
一、妊娠反应
1.由于个体体质差异，妊娠反应程度和持续时间不同，可表现为头晕、头疼、乏力、嗜睡等，这属于正常生理反应。
2.通常不适反应在妊娠12周可自然消失，但也可能延至妊娠20周-22周。
3.一般可不特殊处理，可进行局部按摩，保证充足睡眠，做好防寒保暖，避免受凉，适当多吃新鲜蔬菜和水果（如菠菜、苹果等）以补充维生素，同时需定期产检。
二、感冒
1.风寒感冒
(1)外感风寒导致，临床症状有头痛、鼻塞、流清涕等，多发于冬季。
(2)若感冒引起的头痛症状较轻且无其他不适，一般不建议用药，注意休息，保持室内空气流通，多喝水。
(3)头痛长时间未缓解则需药物治疗，可服用荆防颗粒、风寒感冒颗粒等，但用药须严格遵循医生指导，避免对胎儿产生不良影响。
2.风热感冒
(1)外感风热所致，主要表现为头胀头痛、咽喉肿痛、咳嗽等。
(2)处理方法与风寒感冒类似。
(3)可口服风热感冒颗粒、桑菊感冒颗粒等药物，用药务必严格按医生指示，切忌盲目用药以免影响胎儿。
总之，怀孕三个月头疼需根据具体病因进行针对性处理，在治疗过程中要谨慎用药，确保孕妇和胎儿的健康安全。同时，孕妇应密切关注自身身体状况，如有异常及时就医。