肝囊肿形成的原因有多种。一般来说，先天性因素是比较常见的，胚胎发育过程中，胆管发育异常就可能导致肝囊肿，这种情况较为多见。另外，肝内炎症、创伤等也可能引起肝囊肿，比如肝脏受到轻微创伤后，局部组织修复过程中可能形成潴留性囊肿。还有寄生虫感染也可能引发肝囊肿，像肝包虫病就是由寄生虫感染导致肝内形成囊肿。
先天性因素相关
胚胎发育异常导致：在胚胎发育的早期阶段，胆管系统的发育出现偏差，部分胆管结构异常，就有可能逐渐形成肝囊肿。这种情况从胚胎时期就开始埋下了隐患，而且一旦形成，可能会随着年龄增长有一定变化，但很多人可能在成年后才被发现。
炎症与创伤因素相关
肝内炎症引起：当肝脏发生炎症时，比如一些慢性的肝脏炎症刺激，会影响胆管的正常结构和功能，使得胆管出现局部的扩张等改变，进而形成囊肿。例如慢性乙型肝炎患者，如果病情控制不佳，长期的炎症刺激就可能增加肝囊肿形成的风险。创伤导致：肝脏受到轻微的创伤后，比如腹部受到轻度撞击等，局部的组织在修复过程中，可能会形成一些潴留性的囊肿。不过这种因创伤导致的肝囊肿相对来说发生率比先天性因素低一些，但也是可能存在的情况。
寄生虫感染因素相关
肝包虫病引发：如果感染了肝包虫，虫卵在肝脏内发育，会形成囊肿样的病变。肝包虫病在一些畜牧地区相对较为常见，因为接触到受污染的动物等因素容易感染。寄生虫在肝脏内寄生繁殖，逐渐形成囊肿结构，对肝脏功能会产生一定影响，需要及时进行相应的诊断和处理。