慢性肠炎的症状多样，常见的有腹痛，一般疼痛程度不一，多为隐痛或胀痛，有的患者疼痛部位不固定，可能在肚脐周围等区域。腹泻也是常见症状，多数患者会出现间断性腹泻，有的每天腹泻数次，有的则是几天发作一次，大便性状多为糊状，有时会含有未消化的食物残渣等。
肠道不适表现
腹痛特点： 慢性肠炎引起的腹痛没有固定的发作时间规律，可能在进食后较为明显，尤其是吃了生冷、油腻等刺激性食物后，腹痛可能会加重。而且疼痛程度个体差异较大，有的患者感觉只是腹部隐隐不适，有的则会有较为明显的胀痛感。腹泻情况： 腹泻频率因人而异，有些患者可能每天腹泻3 - 5次，大便多为稀便；还有些患者腹泻次数相对较少，但会持续较长时间，比如持续数周甚至数月。
全身伴随症状
乏力： 由于肠道长期处于炎症状态，营养吸收受到一定影响，患者可能会出现全身乏力的情况，感觉精神不振，稍微活动就容易疲惫。一般这种乏力症状会随着肠炎病情的控制有所缓解，但如果肠炎长期不愈，乏力感可能会持续存在。消瘦： 长期慢性肠炎会影响肠道对营养物质的吸收，特别是蛋白质、维生素等营养成分的吸收不良，患者可能会出现体重逐渐下降、消瘦的情况。如果病情没有得到有效控制，消瘦情况可能会逐渐加重。
其他特殊表现
大便异常改变： 除了腹泻，部分慢性肠炎患者还可能出现大便干结与腹泻交替的情况。比如一段时间可能腹泻较为频繁，而另一段时间又会出现大便干结、排便困难的现象。另外，有的患者大便中可能会带有少量黏液，这是因为肠道炎症刺激导致肠道分泌黏液增加。食欲减退： 慢性肠炎会影响胃肠道的消化功能，患者往往会出现食欲减退的情况，对食物的兴趣降低，进食量减少。长期食欲不佳可能会进一步影响身体的营养状况，导致身体抵抗力下降等问题。