月经干净第3天同房是否会怀孕不能确定。具体如下：
一、不会怀孕。通常情况下，只有在月经周期中的排卵期怀孕几率才比较高，而排卵期一般是在月经周期中月经干净后一周以后。由于精子排出后在女性体内可存活2至3天的时间，月经干净第3天同房，等到排卵期时，精子通常已失去活性，所以这种情况下一般不会怀孕。
二、会怀孕。要是月经周期不规律或者周期较短，那么有可能出现排卵期提前的状况，如此一来，在月经第3天同房时，也有少部分可能会怀孕。
总结来说，月经干净第3天同房，有不会怀孕的可能，也有怀孕的可能，具体情况因人而异。