月经干净第三天同房一般不会怀孕，但也不是绝对的。
月经周期的长短因人而异，一般为21-35天，平均约为28天。月经周期的第5-14天，通常称为卵泡期，此时卵巢内卵泡发育并分泌雌激素。在月经周期的第14天左右，会发生排卵，卵子可由两侧卵巢轮流排出，也可由一侧卵巢连续排出。排卵后，卵子若没有受精，在排卵后14天左右，黄体萎缩，停止分泌雌激素和孕激素，子宫内膜中的血管收缩，内膜坏死而脱落，引起出血，形成月经。如果在排卵前同房，精子在女性体内可存活2-3天，此时卵子排出，受精怀孕的几率较大；而在排卵后同房，卵子在女性体内存活时间较短，受精怀孕的几率相对较小。因此，一般来说，月经干净后3天属于相对安全期，怀孕的几率较小，但仍有可能怀孕。
需要注意的是，女性排卵容易受外界环境、情绪、身体健康状况等因素影响，可能出现提前或推后排卵，甚至额外排卵。因此，安全期避孕的方法并不可靠，失败率较高。如果没有怀孕计划，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、放置宫内节育器等。此外，如果出现月经周期紊乱、经量增多、经期延长等异常情况，应及时就医，排除子宫肌瘤、子宫内膜息肉等疾病的可能。
对于月经周期不规律的女性，如多囊卵巢综合征患者，由于排卵不规律，安全期避孕的方法也不可靠，建议在医生的指导下选择合适的避孕方法。如果在月经干净后3天同房后出现月经推迟、恶心、呕吐、乳房胀痛等症状，应及时就医，排除怀孕的可能。
总之，虽然月经干净第三天同房怀孕的几率较小，但仍有可能怀孕。如果没有怀孕计划，建议采取可靠的避孕措施。如果出现月经异常或怀孕症状，应及时就医，明确诊断。