月经干净后第三天进行性行为是否会怀孕，取决于多种因素，以下是一些需要考虑的点：
1.排卵时间：怀孕的关键是卵子和精子的结合。女性的排卵时间因人而异，通常在下次月经来潮前的14天左右，但也可能受到生活方式、情绪、健康状况等因素的影响而提前或推迟。如果女性的月经周期规律，排卵时间相对较容易预测。然而，即使月经周期规律，排卵也可能发生在月经干净后的第三天，尤其是当周期较短或存在额外的排卵情况时。
2.精子存活时间：精子在女性体内的存活时间也会影响怀孕的可能性。精子可以在女性生殖道内存活数天，但具体时间因个体差异而异。
3.其他因素：女性的生育能力还受到其他因素的影响，如输卵管的通畅性、子宫内膜的健康状况等。
总体而言，虽然月经干净后第三天怀孕的几率相对较低，但不能完全排除怀孕的可能性。以下是一些建议：
了解自己的月经周期：通过记录月经的开始和结束日期，可以大致了解自己的周期长度和排卵时间。
使用避孕方法：如果不希望怀孕，最好采取可靠的避孕措施，如避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。
注意安全期的局限性：安全期避孕法并不可靠，因为排卵时间可能会发生变化。
需要注意的是，每个人的身体状况和生理情况都是独特的，以上信息仅为一般参考。如果对怀孕的风险有特定的担忧或需要更详细的建议，最好咨询医生或妇科专家。他们可以根据个人情况提供更准确和个性化的指导。此外，如果没有怀孕的计划，建议采取适当的避孕措施，以保护自己的身体健康。