跑步时脚内侧疼痛的原因可能有以下几点：
1.内侧楔骨骨膜炎：长期跑步或过度使用内侧楔骨，可能导致骨膜炎症，引起疼痛。
2.足底筋膜炎：足底筋膜是连接足跟和脚趾的带状组织，过度使用或受伤可能导致足底筋膜炎，引起足跟疼痛。
3.内收肌紧张：内收肌位于大腿内侧，过度紧张可能导致肌肉牵拉脚内侧，引起疼痛。
4.足弓塌陷：足弓塌陷可能导致脚内侧承受过多压力，引起疼痛。
5.鞋子不合适：不合适的跑鞋可能导致脚在跑步过程中受到不正确的压力，引起疼痛。
6.过度训练：过度训练或突然增加跑步强度可能导致肌肉疲劳和损伤，引起疼痛。
7.其他：扁平足、关节炎、跟腱炎等也可能导致跑步时脚内侧疼痛。
如果疼痛持续或加重，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。治疗方法包括休息、物理治疗、药物治疗、矫形器等。同时，选择合适的跑鞋、进行适当的热身和拉伸、控制跑步强度和时间等也有助于预防疼痛的发生。