甲状腺激素低通常指甲状腺功能减退，其原因有多种。比如自身免疫性疾病是常见原因之一，像自身免疫性甲状腺炎，约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。
自身免疫性因素导致
自身免疫性甲状腺炎： 机体免疫系统错误地攻击甲状腺组织，破坏甲状腺细胞，影响甲状腺激素的合成与分泌。例如桥本甲状腺炎，是最常见的自身免疫性甲状腺炎类型，会逐渐导致甲状腺功能减退。其他自身免疫病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能间接影响甲状腺功能，引发甲状腺激素低，但相对自身免疫性甲状腺炎来说，占比相对较小。
甲状腺手术或放射性碘治疗后
甲状腺手术因素： 如果因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行了甲状腺部分或全部切除手术，剩余甲状腺组织不能正常分泌足够的甲状腺激素，就可能出现甲状腺激素低的情况。一般甲状腺切除越多，发生甲状腺功能减退的风险越高。放射性碘治疗因素： 对于甲亢患者采用放射性碘治疗时，碘-131会破坏甲状腺细胞，在治疗后的数月至数年，可能逐渐出现甲状腺功能减退，约有50% - 70%的甲亢患者在放射性碘治疗后会发展为永久性甲状腺功能减退。
药物影响
抗甲状腺药物过量： 如甲亢患者服用过量的甲巯咪唑或丙硫氧嘧啶等抗甲状腺药物，会抑制甲状腺激素的合成，导致甲状腺激素水平降低。其他药物干扰： 某些药物也可能影响甲状腺激素的代谢或合成，比如胺碘酮，它含有较高的碘，长期服用可能干扰甲状腺激素的正常代谢，引发甲状腺功能减退。
下丘脑或垂体病变
下丘脑病变： 下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素（TRH）减少，会影响垂体分泌促甲状腺激素（TSH），进而导致甲状腺分泌甲状腺激素减少。例如下丘脑肿瘤等病变可能影响TRH的分泌。垂体病变： 垂体发生病变，如垂体肿瘤、垂体炎症等，会使垂体分泌TSH不足，从而导致甲状腺激素低。垂体性甲状腺功能减退相对较少见，但一旦发生，后果较为严重。