甲状腺炎是一组累及甲状腺的异质性疾病，其发病原因多样。比如自身免疫因素就可能引发甲状腺炎，像自身免疫性甲状腺炎，约有10% - 15%的自身免疫性疾病患者可能会合并甲状腺炎相关问题。
自身免疫因素引发
自身免疫性甲状腺炎： 当人体自身免疫系统出现紊乱时，免疫系统会错误地攻击甲状腺组织。例如慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎），就是自身免疫系统把甲状腺当作了外来的攻击目标，导致甲状腺细胞受损，引发炎症反应。其他自身免疫病关联： 像1型糖尿病患者，同时患甲状腺炎的概率比普通人要高一些，这也是自身免疫因素在其中起作用的体现，免疫系统的异常联动可能导致甲状腺出现炎症。
病毒感染导致
病毒性甲状腺炎： 比如亚急性甲状腺炎，常常在发病前1 - 3周有上呼吸道感染病史。像柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒等感染后，可能会诱发甲状腺的炎症反应。病毒感染会引起甲状腺组织的免疫反应，使得甲状腺细胞被破坏，从而引发炎症。具体病毒影响： 腮腺炎病毒感染引发的甲状腺炎，在儿童中相对较为常见，病毒通过血液等途径到达甲状腺，引起甲状腺的炎症变化，出现甲状腺肿大、疼痛等症状。
放射性损伤因素
放射性治疗相关： 头颈部接受过放射性治疗的人群，患甲状腺炎的风险会增加。例如因颈部恶性肿瘤接受过放射治疗的患者，射线会损伤甲状腺组织，导致甲状腺的正常结构和功能受到影响，进而引发炎症。一般在放射性治疗后的数月至数年可能会逐渐出现甲状腺炎的相关症状。职业性辐射接触： 一些长期处于有放射性物质环境工作的人员，像某些核工业相关的工作人员，如果防护不当，长期接触放射性物质，也容易导致甲状腺受到损伤，引发甲状腺炎。
遗传因素影响
遗传易感性： 甲状腺炎具有一定的遗传倾向。研究发现，某些特定的基因变异会增加患甲状腺炎的风险。如果家族中有甲状腺炎患者，那么家族成员患甲状腺炎的概率会比普通人群高一些。不过遗传因素并不是单独起作用，往往是在遗传易感性的基础上，再加上环境等其他因素的共同作用才会发病。