男性支衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。比如尿道炎型，会出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，部分患者晨起时会发现尿道口有痂膜封口或内裤有污秽。
尿道炎相关症状
尿道不适表现： 男性感染支衣原体引发尿道炎时，尿道会有瘙痒感，这种瘙痒可能持续存在，程度可轻可重。同时，尿道还会有灼痛感觉，在排尿时较为明显，尤其是尿液通过尿道时，灼痛会更突出。尿道口异常： 尿道口可能出现轻度红肿现象，用肉眼观察能发现比正常状态稍有肿胀。而且，尿道分泌物情况也有变化，分泌物通常比较稀薄，量不多，一般是浆液性或脓性，有的患者早上起床时会发现尿道口有痂膜封住，或者内裤上有污秽的分泌物痕迹。
附睾炎相关症状
阴囊部位不适： 感染累及附睾炎时，阴囊会有坠胀感，患者能明显感觉到阴囊部位沉甸甸的。同时，阴囊会出现疼痛，疼痛可放射至下腹部及腹股沟区域。附睾体征： 附睾会肿大、触痛，用手触摸附睾能感觉到它比正常时增大，并且有明显的疼痛感。
前列腺炎相关症状
排尿方面： 会出现尿频症状，即排尿次数比平时增多。还可能有尿急情况，就是突然有强烈的排尿欲望，很难控制。排尿时会有尿道灼热感，感觉尿液通过尿道时有发热的感觉。局部疼痛： 会阴部、耻骨上区会有隐痛，患者能感觉到这两个部位隐隐作痛。而且，腰骶部也可能出现酸痛感，这种酸痛可能会持续存在，影响患者的日常活动。性功能影响： 部分患者可能会出现性功能障碍，比如勃起功能受到影响，出现勃起不坚等情况；射精也可能会有异常，比如射精疼痛等。