男性感染衣原体后，部分人可能没有明显症状，而有症状的人，尿道会出现不适，比如约有50%的人会感到尿道刺痒，还可能有烧灼感。同时尿道分泌物也会有变化，晨起时可能会发现尿道口有少量稀薄的黏液性分泌物，有的呈浆液性，较稀薄。
泌尿生殖系统症状表现
尿道炎表现： 感染衣原体后，男性尿道炎症状相对较轻，一般发病较慢。除了尿道刺痒、烧灼感外，排尿时可能会有轻度疼痛，少数人尿道口会轻度红肿，分泌物一般较稀薄。附睾炎表现： 部分男性衣原体感染可能会引发附睾炎，单侧发病较为常见。表现为附睾肿大、疼痛，触摸时疼痛明显，可伴有阴囊坠胀感。
其他可能出现的情况
前列腺炎关联： 衣原体感染有时可能会累及前列腺，导致前列腺炎。患者可能会出现会阴部不适、坠胀感，排尿时可能有尿频、尿急等症状，不过这些症状相对比较隐匿，需要通过相关检查来明确。并发症影响： 如果衣原体感染没有得到及时有效的治疗，可能会引发一些并发症。比如少数人可能会出现Reiter综合征，表现为尿道炎、结膜炎、关节炎三联征，除了尿道症状外，还会有眼睛红肿、疼痛，关节疼痛、肿胀等表现。
与其他疾病的鉴别
与淋病的鉴别： 淋病引起的尿道炎症状往往比较明显，尿道分泌物多为脓性，量较多，而衣原体尿道炎分泌物相对较稀薄。通过分泌物涂片镜检和病原体检测可以区分，淋病在涂片镜检中可见多形核白细胞内有革兰阴性双球菌，而衣原体感染则有其特异的病原体特征。与非淋菌性尿道炎其他病原体的鉴别： 非淋菌性尿道炎还可能由支原体等其他病原体引起，不过衣原体感染有其独特的临床特点和实验室检测指标，通过专门的衣原体检测方法，如核酸扩增试验等可以准确区分是衣原体还是其他病原体感染。