软腭疼痛的治疗方法需根据具体病因来定。如果是普通的炎症引起的软腭疼痛，可通过一般治疗来缓解，比如要注意休息，保证充足的睡眠，一般建议每天睡眠时间不少于7-8小时，同时要多喝水，保持口腔湿润。
局部治疗方法
含漱法：可以使用一些有杀菌消炎作用的含漱液，如3%的过氧化氢溶液，它能释放出新生态氧，有杀菌、除臭的作用，每天可以含漱3-4次，每次含漱1分钟左右。局部喷雾：对于疼痛较为明显的情况，可以使用口腔炎喷雾剂等进行局部喷雾，直接作用于软腭部位，起到消炎止痛的效果。
药物治疗方面
抗生素类药物：如果软腭疼痛是细菌感染引起的，像链球菌感染导致的，可使用青霉素类抗生素，不过使用前需确认患者无青霉素过敏史。如果对青霉素过敏，可以选用头孢类抗生素，如头孢拉定等。激素类药物：对于一些因过敏或炎症反应较严重导致的软腭疼痛，短时间内可以考虑使用激素类药物，比如地塞米松，但激素类药物使用需严格掌握适应证和剂量，一般不长期使用。
针对病因的特殊治疗
病毒感染引起：如果是病毒感染，如疱疹性口炎累及软腭，一般需要使用抗病毒药物，像阿昔洛韦，它能抑制病毒DNA合成，起到抗病毒的作用，但使用时要注意观察患者的反应。创伤因素导致：如果是因为进食时被硬物划伤等创伤引起的软腭疼痛，要保持口腔清洁，避免感染，一般创面会逐渐自行愈合，也可以使用一些促进黏膜修复的药物，如康复新液，它能促进肉芽组织生长，促进黏膜修复，每天含漱3-4次，每次10毫升左右。