三个月宝宝咳嗽吐奶，可能是生理因素，也可能是消化不良、上呼吸道感染、扁桃体炎等病理因素所致。
一、生理因素
三个月宝宝胃部尚未完全发育，食道与胃部之间的贲门也未完全成熟，通常会有咽喉协调功能差的情况。此时若发生吐奶，可能会导致呛奶从而诱发咳嗽，这大多属于正常生理现象。
二、病理因素
1.消化不良：如果宝宝一次性进食过多奶，就可能引发消化不良，进而出现咳嗽吐奶的状况。
(1)当奶量超过宝宝的消化能力，就会造成胃肠负担过重。
(2)消化不良会导致胃肠功能紊乱，引起不适症状。
2.上呼吸道感染：宝宝上呼吸道受到病菌感染，在炎症刺激下会使分泌物增多，表现为咳嗽并伴有吐奶现象。
(1)病菌感染后，呼吸道会出现炎症反应。
(2)分泌物的增加会刺激宝宝咳嗽，咳嗽剧烈时可能引起吐奶。
3.扁桃体炎：扁桃体炎是感染性疾病，可通过呼吸道飞沫或直接接触传染。三个月大的宝宝若患此疾病，可能因局部炎症刺激而出现咳嗽，并伴随一定程度的吐奶。
(1)炎症会刺激扁桃体部位，引发咳嗽。
(2)宝宝可能因咳嗽而导致吐奶。
此外，该情况还可能是肺炎等导致的，若宝宝出现咳嗽吐奶持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就诊，以免延误病情恢复。
总结：三个月宝宝咳嗽吐奶有生理和病理多种原因，需要仔细分辨。若为病理因素应及时就医处理。