病毒性软疣可以通过多种方法来治疗，一般来说，医生会采用局部治疗的方式快速改善症状。比如用镊子将软疣小体挤出或挑除，这通常能较快见到效果。
局部物理治疗方法
刮除术： 医生会用消毒后的刮匙将软疣小体刮除，操作相对简便，能直接去除疣体。不过术后要注意保持局部清洁，避免感染。冷冻治疗： 利用低温的液氮使软疣组织坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐干燥结痂脱落，这个过程可能需要1 - 2周左右能看到明显效果，但相对刮除术可能时间稍长些。冷冻治疗后要避免水疱破裂继发感染。
药物辅助治疗情况
外用药物： 可以使用一些抗病毒的外用药物，像酞丁安乳膏等。酞丁安乳膏能抑制病毒的复制，但相对物理治疗来说，起效可能会慢一些，一般需要连续使用数天才能看到一定效果。不过对于一些不宜采用物理治疗的部位，如面部等，可以考虑外用药物治疗。
日常护理要点
避免搔抓： 患者要注意不要搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致病毒扩散，使疣体增多。比如原本只有几个软疣，搔抓后可能会在周围皮肤又长出新的软疣。保持皮肤清洁： 要经常清洗皮肤，保持皮肤的清洁卫生。可以用温和的沐浴产品清洗，但要注意力度，避免损伤皮肤。例如每天用清水或合适的沐浴露清洗身体，尤其是软疣所在部位周围的皮肤。衣物床单清洁： 患者的衣物、床单等要经常换洗，并且最好用热水烫洗，因为病毒在高温下容易被杀死，这样可以避免再次接触病毒而复发。