病毒性软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以采用夹除术，这是较为常用的方法，通常在医院由医生操作，几分钟就能处理一个疣体。
局部物理治疗
冷冻治疗： 利用低温使软疣小体坏死脱落。医生会用冷冻装置接触疣体，一般1 - 2周可能需要重复治疗，适用于较小的软疣。激光治疗： 用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。治疗时可能会有轻微疼痛，术后要注意保持创面清洁，防止感染。
外用药物治疗
斑蝥素： 是一种可以破坏疣体的药物，但使用时要注意避免接触周围正常皮肤，以免造成损伤。维A酸软膏： 可以调节上皮细胞的生长和分化，对软疣有一定的治疗作用，但起效相对较慢，需要坚持使用一段时间。
日常注意事项
避免搔抓： 病毒性软疣具有传染性，搔抓后可能会自身接种，导致皮疹增多。所以要尽量避免用手搔抓患处。注意个人卫生： 保持皮肤清洁，勤换衣物。不与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止传染给他人。增强免疫力： 平时要注意合理作息，保证充足睡眠，适当进行体育锻炼，以提高身体的免疫力，有助于病情恢复和预防软疣复发。