病毒性软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以采用疣体夹除术，这是比较常用的方法，通常在医院由医生操作，几分钟就能完成。
物理治疗方法
疣体夹除术： 医生会用镊子将软疣小体完全夹出，然后涂上碘酊等进行局部消毒，以防感染。一般操作后恢复较快。激光治疗： 利用激光的高温烧灼疣体，使其碳化脱落。治疗时可能会有轻微疼痛，术后要保持创面清洁干燥，避免沾水，大概1 - 2周创面能愈合。
外用药物治疗
水杨酸： 可以使疣体角质层松解脱落，从而达到去除软疣的目的。使用时要注意避免接触正常皮肤，可能需要连续使用几周才能看到效果。斑蝥素： 能引起局部皮肤炎症反应，促使疣体坏死脱落。但使用时要严格按照医生指导，因为它有一定刺激性。
日常注意事项
避免搔抓： 病毒性软疣会有瘙痒感，但要尽量避免搔抓，防止自身接种传染，导致疣体增多。比如搔抓后手上沾染病毒，再接触身体其他部位，就可能在其他地方长出新的软疣。注意个人卫生： 要勤换洗衣物，保持皮肤清洁。不与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止传染给他人。比如家庭中有人患病，共用毛巾就可能使其他家庭成员被感染。增强免疫力： 平时要注意均衡饮食，保证充足睡眠，适当进行体育锻炼，以提高身体免疫力，有助于身体抵抗病毒，促进病情恢复。例如每天进行30分钟左右的有氧运动，像快走、慢跑等。