结膜炎的类型多样，用药也不同。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长，通常能在一定时间内缓解症状；病毒性结膜炎可使用抗病毒类眼药水，像更昔洛韦滴眼液，对常见的引起病毒性结膜炎的病毒有抑制作用。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。一般来说，细菌性结膜炎患者使用后能在1 - 2天内感觉眼部不适有所减轻。但要注意，对喹诺酮类药物过敏者禁用。妥布霉素滴眼液： 也是常用的治疗细菌性结膜炎的眼药水，它能特异性地与细菌核糖体30S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成。它的安全性相对较高，儿童在医生指导下也可使用，但使用前需清洁双手，避免污染药水。
病毒性结膜炎适用眼药水
更昔洛韦滴眼液： 能竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，从而抑制病毒DNA合成。它对单纯疱疹病毒性结膜炎等有较好疗效，使用时可能会有轻度的眼部刺激症状，如灼烧感等，但一般可耐受。阿昔洛韦滴眼液： 同样是针对病毒性结膜炎的药物，通过干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。它的起效时间相对较快，通常使用后几天内病毒性结膜炎的症状会逐渐改善，但孕妇及哺乳期妇女使用需谨慎，应在医生评估后决定是否使用。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 属于组胺H1受体拮抗剂，可通过抑制组胺的释放来缓解过敏性结膜炎引起的眼部瘙痒、红肿等症状。它起效比较迅速，用药后15分钟左右可能就能感觉到眼部不适有所减轻，但对本品过敏者禁用。色甘酸钠滴眼液： 能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯等致敏介质，从而预防过敏性结膜炎的发作。它适用于预防过敏性结膜炎，对于已经发作的患者，使用后可能需要几天时间来缓解症状，而且在使用过程中要注意避免瓶口接触眼部及其他物体，防止污染。