眼睛结膜炎可以使用的眼药水需根据病因来选择。一般来说，细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它对多种细菌有抑制作用，能有效减轻细菌性结膜炎引起的红肿、疼痛等症状；病毒性结膜炎可选用抗病毒类眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，能对抗引起病毒性结膜炎的病毒。通常用药后1 - 2天症状会有所缓解。
细菌性结膜炎常用眼药水
左氧氟沙星滴眼液：属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，可用于治疗由敏感菌引起的细菌性结膜炎，一般用药后数小时内炎症反应可能会减轻。妥布霉素滴眼液：对革兰阴性菌和阳性菌都有作用，能抑制细菌蛋白质合成来杀菌，适用于细菌性结膜炎患者，使用后通常1 - 3天能看到症状改善。
病毒性结膜炎常用眼药水
阿昔洛韦滴眼液：是嘌呤核苷类抗病毒药，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制，对单纯疱疹病毒性结膜炎有较好的疗效，使用后可能在2 - 3天内缓解眼部的不适症状。更昔洛韦滴眼液：也是抗病毒药物，作用机制是竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，阻止病毒DNA合成，可用于治疗病毒性结膜炎，用药后可能需要2 - 5天逐渐减轻症状。
过敏性结膜炎常用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液：属于组胺H1受体拮抗剂，能抑制组胺释放，减轻过敏性结膜炎引起的眼痒、红肿等症状，用药后15 - 30分钟可能就会感觉到眼痒等症状有所缓解。色甘酸钠滴眼液：可以稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯等致敏介质，从而预防过敏性结膜炎的发作，一般需要连续使用数天才能起到较好的预防和缓解症状的作用，比如连续使用3 - 5天可能会看到眼部过敏症状减轻。
慢性结膜炎常用眼药水
氟米龙滴眼液：属于糖皮质激素类眼药水，具有抗炎作用，能减轻慢性结膜炎的炎症反应，但长期使用可能会有眼压升高等副作用，所以使用时需要在医生监测下，一般用药后1周左右炎症情况可能会有所改善。羟糖甘滴眼液：主要是起到润滑眼表的作用，对于一些因眼表干燥等因素引起的慢性结膜炎有一定的辅助缓解作用，使用后随时可能缓解眼干等伴随症状。