感染衣原体后，不同部位感染症状有所不同。比如泌尿生殖系统感染，男性可能出现尿道刺痒、烧灼感、排尿疼痛，少数有尿频，晨起时尿道口可有少量黏液性分泌物，或呈痂膜状封口；女性感染后可能无明显症状，部分人会有阴道分泌物增多、下腹疼痛等。
泌尿生殖系统感染症状
男性表现： 初期症状较轻，可能仅感觉尿道有轻微不适，随着病情发展，尿道刺痒感会比较明显，有时排尿时会有灼热感，排尿频率也可能改变，像出现尿频情况，早上起床时能发现尿道口有少量稀薄的黏液性分泌物，严重的可能会结成痂膜封住尿道口。女性表现： 很多女性感染衣原体后没有典型的自觉症状，容易被忽视。部分女性会出现阴道分泌物增多的情况，和正常白带不一样，可能比较黏稠，下腹还可能有疼痛感觉。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染眼部： 会引起沙眼。发病早期眼睛会有异物感、怕光、流泪，同时伴有较多黏液或黏液脓性分泌物。病情发展后，眼睑结膜会出现乳头增生、滤泡形成，若不及时治疗，后期可能会导致眼睑内翻、倒睫，进而损伤角膜，影响视力。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染呼吸道： 儿童感染后多表现为咽炎、喉炎、气管炎、肺炎等。起病相对较缓，初期可能有咽痛、声音嘶哑等上呼吸道感染症状，之后会出现咳嗽，多为干咳，可持续数周，部分孩子可能伴有发热，体温一般不是很高，在38℃左右。成年人感染后症状相对轻一些，可能也是先有上呼吸道感染表现，接着出现咳嗽，以干咳为主，可能会持续几周时间。