衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。男性感染衣原体时，约1-3周后可能出现尿道不适，如尿道刺痒、刺痛或烧灼感，还可能有不同程度的尿频、尿急，尿道口可出现轻度红肿，分泌物稀薄、量少，为浆液性或脓性，晨起时可能有“糊口”现象。女性感染衣原体，宫颈是最常被感染的部位，多数女性感染后无明显症状，有症状者可表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后出血，还可能出现下腹部不适、尿频、尿急等症状，若上行感染至盆腔，可能出现盆腔炎等，表现为下腹痛、性交痛、异常子宫出血等，病程长者可出现输卵管阻塞、粘连，导致不孕或异位妊娠。
男性衣原体感染症状
尿道不适表现： 男性感染衣原体后，早期会有尿道刺痒感觉，部分人会出现刺痛或烧灼感，同时伴有不同程度的尿频、尿急，排尿时不适感可能会比较明显。尿道口异常： 尿道口可能会有轻度红肿情况，分泌物一般比较稀薄、量少，呈浆液性或脓性，早上起床时可能会发现尿道口有“糊口”现象，即尿道口被分泌物黏住。
女性衣原体感染症状
宫颈感染表现： 女性感染衣原体时，宫颈是常见感染部位，很多女性感染后没有明显症状，有症状的女性会出现阴道分泌物增多，呈黏液脓性，还可能在性交后出现出血情况。盆腔感染表现： 若衣原体感染上行至盆腔，引发盆腔炎，会出现下腹部疼痛，尤其是性交时疼痛明显，还可能有异常子宫出血等症状，病程较长的话，可能会导致输卵管阻塞、粘连，进而引起不孕或者异位妊娠。
新生儿衣原体感染症状
眼结膜感染： 新生儿通过产道感染衣原体后，多在出生后5 - 14天出现眼结膜感染，表现为眼结膜充血、水肿，有较多脓性分泌物，若不及时治疗，可能会累及角膜。呼吸道感染： 部分新生儿可能会出现呼吸道感染症状，如咳嗽，开始为轻度干咳，之后可能会加重，严重时可能影响呼吸，出现气促等表现。