遗传因素
儿童耳朵畸形可能与遗传因素有关。某些基因的突变或遗传综合征可能导致耳朵发育异常。例如，一些常染色体显性或隐性遗传的综合征会伴随耳朵畸形的表现。有家族遗传病史的儿童，发生耳朵畸形的风险相对较高。这是因为遗传物质决定了胚胎在发育过程中耳朵结构形成的程序，当遗传信息出现异常时，就可能干扰耳朵正常的发育过程。
孕期环境因素
母体感染：孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，可能影响胎儿耳朵的发育。孕期感染这些病毒后，病毒可以通过胎盘影响胚胎的发育，干扰耳部组织的正常分化和形态形成。例如，孕期风疹病毒感染发生率较高时，胎儿耳朵畸形的发生率也会相应增加。
药物影响：孕妇在孕期不合理使用某些药物，也可能导致胎儿耳朵畸形。一些药物具有致畸性，会影响胚胎的正常发育过程，其中包括干扰耳部结构的形成。所以孕妇用药需要在医生严格指导下进行，避免使用可能对胎儿发育有不良影响的药物。
化学物质接触：孕妇接触某些化学物质，如重金属、有机溶剂等，也可能增加胎儿耳朵畸形的风险。这些化学物质可能通过母体进入胎儿体内，干扰胚胎发育中的关键环节，导致耳朵发育异常。
辐射暴露：孕期接受过量的辐射，例如在非医学必要的情况下进行X线检查等，辐射可能会损伤胎儿的细胞，影响耳朵等器官的正常发育。
孕期营养因素
孕妇孕期营养缺乏也可能与儿童耳朵畸形相关。例如，缺乏维生素A、维生素D等营养素，会影响胚胎的正常发育，其中包括耳部的发育。维生素在细胞的生长、分化等过程中起着重要作用，缺乏特定维生素会打乱耳部组织发育的节奏，导致耳朵畸形的发生。
其他因素
胚胎发育早期的异常：在胚胎发育的早期阶段，如神经管形成等关键时期出现异常，可能会波及耳朵的发育。因为胚胎发育是一个整体的过程，各个器官的发育相互关联，早期的异常可能会影响到耳部结构的正常形成。
不良生活方式：孕妇在孕期吸烟、酗酒等不良生活方式也可能增加胎儿耳朵畸形的风险。吸烟产生的有害物质和酒精都可能通过母体影响胎儿的发育，干扰耳部组织的正常构建。例如，吸烟会导致胎盘血管收缩，影响胎儿的血液供应，进而影响耳部发育所需的营养和氧气供应；酗酒则可能直接损害胎儿的细胞，影响器官的正常发育。