儿童矮小症的症状主要有以下几方面。一般来说，3岁以下儿童每年身高增长低于7厘米，3岁至青春期前每年增长低于5厘米，青春期每年增长低于6厘米，这是判断儿童是否可能有矮小症的一个重要身高增长指标。
身高明显低于同龄人
儿童身高与同年龄、同性别正常儿童标准身高相比：一般来说，低于正常标准身高的2个标准差以上，或者处于正常身高范围的第3百分位以下，就需要警惕矮小症。比如，同年龄同性别孩子平均身高是120厘米，孩子身高低于96厘米（2个标准差），就可能存在问题。生长速率缓慢：除了身高绝对值低，生长速度也是关键。像前面说的，3岁以下每年增长不到7厘米，3岁到青春期前每年增长不到5厘米，青春期每年增长不到6厘米，这种生长速率明显缓慢的情况，要考虑矮小症的可能。
外貌特征异常
面部特征：部分矮小症儿童可能出现面部比例不协调，比如脸比较圆，额头相对较窄等情况。还有可能出现下颌骨发育不足，导致下巴后缩的表现。身体比例：有的孩子可能身体比例失调，比如四肢与躯干的比例不太符合正常儿童的比例。例如，躯干相对较长，四肢相对较短等情况。
伴随其他系统表现
内分泌系统相关表现：如果是因为内分泌疾病导致的矮小症，可能会有其他内分泌相关症状。比如，甲状腺功能减退引起的矮小症，孩子可能会伴有智力发育迟缓、面色苍白、怕冷、皮肤粗糙等表现；生长激素缺乏引起的矮小症，可能同时伴有青春期发育延迟的情况，像男孩睾丸不增大，女孩乳房不发育等。遗传代谢性疾病相关表现：一些遗传代谢性疾病导致的矮小症，还可能有其他系统的异常。比如，粘多糖病引起的矮小症，孩子可能会有角膜混浊、关节畸形、肝脾肿大等表现；特纳综合征引起的女孩矮小症，除了身材矮小，还可能有颈蹼、后发际低、肘外翻等特殊外貌。