儿童矮小症的症状主要有以下表现：一般来说，3岁以下儿童每年身高增长低于7厘米，3岁至青春期前每年身高增长低于5厘米，青春期每年身高增长低于6厘米，这可能是矮小症的信号之一。
身高明显低于同龄人
身高低于同年龄、同性别正常儿童标准值的3个标准差以上：正常情况下，儿童的身高有相应的生长曲线标准，若孩子的身高持续低于同年龄、同性别正常儿童标准值较多，比如明显低于第三百分位以下，就要警惕矮小症。例如，同年龄同性别的大部分孩子都已经长到某个较高的数值，而自己孩子的身高却远远落后。生长速率缓慢：除了最终身高低，生长速率也很关键。像3岁前每年身高增长不足7厘米，3岁到青春期前每年增长不足5厘米，青春期每年增长不足6厘米，这种生长速率持续偏低也是矮小症的症状体现。
外观上的特殊表现
面容幼稚：有些矮小症儿童面容看起来比较稚嫩，和实际年龄不太相符。比如一个10岁的孩子，面容还像7、8岁的孩子一样，脸部特征不够成熟，可能是垂体分泌生长激素不足等原因导致的生长发育迟缓。体型比例异常：部分患儿体型比例可能不太正常，比如上下身比例失调。有的孩子可能上身相对较长，下身相对较短，这也可能是矮小症的表现之一。
伴随其他系统症状
内分泌系统相关表现：如果是因为生长激素缺乏等内分泌原因引起的矮小症，可能还会伴有其他内分泌方面的症状。比如甲状腺功能减退引起的矮小症，孩子可能会出现面色苍白、怕冷、智力发育稍迟缓等表现；如果是性早熟引起的矮小症，可能会在早期出现第二性征提前发育，随后又过早停止生长等情况。骨骼发育异常：一些患有先天性骨骼疾病导致的矮小症，会有骨骼发育异常的情况。例如软骨发育不全的患儿，会有四肢短小、头大等骨骼畸形表现，同时身高明显低于正常水平。