儿童矮小症的原因较多，其中遗传因素是常见原因之一，如果父母双方童年时身材矮小，那么儿童发生矮小症的几率会相对较高。据统计，约70%的矮小症患儿存在遗传因素相关问题。
遗传因素相关
家族性矮小： 如果家族中普遍存在身材矮小的情况，孩子很可能遗传这种体质，导致身高低于正常同龄人。一般家族中直系亲属身高都偏矮时，儿童矮小症由遗传导致的可能性较大。染色体异常： 像特纳综合征，这是女性常见的染色体疾病，会影响身高发育，患者通常身材矮小，且伴有第二性征发育不全等表现。
内分泌因素导致
生长激素缺乏： 生长激素是促进人体生长的重要激素，如果垂体分泌生长激素不足，就会引起矮小症。儿童垂体分泌生长激素不足多在出生后就表现出来，身高增长缓慢。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对儿童的生长发育至关重要，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会导致儿童生长迟缓，除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓、面色苍黄等表现。
疾病因素影响
慢性疾病： 一些慢性疾病也会影响儿童身高，比如先天性心脏病、慢性肾病等。以先天性心脏病为例，患病儿童由于身体长期处于缺氧等不良状态，会影响生长发育，导致身材矮小。骨骼疾病： 骨骼发育异常也会引起矮小症，像软骨发育不全，这是一种遗传性的骨骼疾病，主要表现为长骨生长受限，导致身材矮小，四肢短粗等。
营养与生活方式原因
营养不均衡： 儿童长期营养不良，缺乏蛋白质、钙、锌等重要营养素，会影响身高发育。比如饮食中蛋白质摄入不足，就无法为身体生长提供足够的原料。一般3岁以下儿童如果营养不均衡，更容易出现身高增长落后。睡眠不足： 生长激素在夜间睡眠时分泌旺盛，儿童如果长期睡眠不足，会影响生长激素的分泌，进而影响身高。建议学龄前儿童每天保证10 - 13小时的睡眠时间，学龄儿童保证9 - 11小时睡眠时间，睡眠不足会干扰生长激素分泌，影响身高增长。