儿童矮小症的病因较为复杂，常见的有以下几类情况。首先，生长激素缺乏或分泌不足是导致儿童矮小症的重要原因之一。据统计，约有30%左右的矮小症儿童是因为生长激素缺乏引起的。生长激素由垂体前叶分泌，它能促进骨骼、内脏和全身生长，影响蛋白质合成等。
遗传因素导致
家族性矮小： 如果父母双方身材较矮，那么儿童遗传父母矮小基因的可能性较大，这种情况较为常见。一般来说，儿童的身高有一定的遗传倾向，会按照遗传规律在一个相对范围内生长。染色体异常： 像特纳综合征，这是一种常见的性染色体异常疾病，主要发生在女孩身上。患者的染色体核型为45，X0或其他变异型，会出现身材矮小、性腺发育不全等症状。
内分泌疾病引发
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童的生长发育至关重要。当儿童甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致生长迟缓，出现矮小症。患儿除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓、食欲减退等表现。皮质醇增多症： 肾上腺皮质分泌过多的皮质醇也会影响儿童生长。长期过量的皮质醇会抑制生长激素的分泌和作用，从而导致儿童生长速度减慢，身材矮小。
其他因素影响
宫内发育迟缓： 孕妇在孕期如果出现营养不良、感染等情况，可能会导致胎儿宫内发育迟缓，出生时体重和身高就低于正常标准，出生后也可能持续矮小。一般来说，出生体重低于2500克的低出生体重儿，日后发生矮小症的风险相对较高。慢性疾病影响： 一些慢性疾病，如先天性心脏病、慢性肾病等，会影响儿童的生长发育。例如慢性肾病患儿，由于肾脏功能受损，会影响体内激素的代谢和营养物质的吸收，进而导致生长迟缓，出现矮小症状。