三个月宝宝睡觉总是摇头，其原因包括生理性因素、病理性因素以及其他因素。
一、生理性原因：三个月的宝宝若穿着衣物过厚，或是所处环境温度过高，都可能导致身体出汗较多，进而出现老是摇头的情况。因为宝宝感到燥热不适时，会通过摇头等动作来缓解这种不舒服的感觉。
二、病理性因素：
1.若三个月宝宝患有佝偻病，或是缺乏维生素D，就可能出现一系列临床症状，像鸡胸、枕秃以及摇头等。这主要是由于维生素D缺乏影响钙磷代谢，进而导致骨骼发育异常和神经系统兴奋性改变，使得宝宝出现这些表现。
2.佝偻病是一种由于维生素D缺乏引起的全身性疾病，主要影响骨骼生长和发育。它可能导致骨骼变软、变形，如鸡胸、漏斗胸、O形腿或X形腿等。同时，宝宝可能还会有睡眠不安、易惊、烦躁等神经系统症状。
三、其他因素：如果宝宝后枕部接触到容易引起过敏的物品，就有可能引发过敏症状，从而导致局部瘙痒，引起睡觉时总摇头。过敏可导致后枕部皮肤发红、起疹子、瘙痒等，宝宝为了缓解瘙痒就会摇头摩擦。
总之，三个月宝宝睡觉总是摇头可能由多种原因引起，需要仔细观察和分析，必要时寻求专业医生的帮助，以明确原因并采取相应的措施。