三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的生理现象，也可能是由于环境不适、维生素D缺乏性佝偻病等原因引起的。可以通过以下方式进行治疗，建议及时就医。
具体分析如下：
1.正常的生理现象：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，控制能力较差，当外界环境刺激或大脑皮质兴奋时，容易出现摇头、四肢抖动等现象，这是一种正常的生理现象，一般无需特殊处理，随着宝宝的生长发育，这种现象会逐渐消失。
2.环境不适：如果宝宝睡觉时所处的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过硬，都可能导致宝宝感觉不舒服，从而出现摇头的现象。此外，如果宝宝睡觉时周围环境过于嘈杂，也可能影响宝宝的睡眠质量，导致其出现摇头的情况。家长可以通过调整宝宝的睡眠环境，如保持适宜的温度和湿度、选择柔软舒适的被褥、保持安静等，来改善宝宝的睡眠质量。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病是由于维生素D摄入不足或缺乏日照导致的钙磷代谢紊乱，从而引起的一种骨骼病变。宝宝会出现多汗、夜惊、烦躁不安、摇头等症状。家长可以在医生的指导下给宝宝补充维生素D和钙剂，并多带宝宝晒太阳，以促进钙的吸收。
4.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，湿疹、痱子等皮肤疾病，也可能导致宝宝出现睡觉摇头的情况。此外，如果宝宝有神经系统疾病，如脑瘫等，也可能出现摇头的症状。
患者在治疗期间需要注意保持宝宝皮肤清洁干燥，避免搔抓皮肤，以免引起感染。同时，家长可以给宝宝适当食用富含维生素D和钙的食物，如鸡蛋、牛奶、豆制品等，以促进宝宝的生长发育。避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等。