乳头内陷主要是由多种因素引起的。一般来说，先天性发育异常是常见原因之一，大约有20%左右的女性存在先天性乳头内陷的情况。
先天性发育因素
乳腺导管短缩：胚胎发育时期，乳腺导管发育异常，导致导管较短，无法将乳头正常向外牵拉，从而引起乳头内陷。这种情况从出生时就可能存在一定的发育基础。乳头平滑肌发育不良：乳头部位的平滑肌发育出现问题，正常的平滑肌功能异常，不能很好地发挥作用来维持乳头的正常形态，也是先天性乳头内陷的一个因素。
疾病相关因素
乳腺疾病：某些乳腺疾病也可能导致乳头内陷，比如乳腺肿瘤。当乳腺内的肿瘤生长到一定程度，侵犯周围组织，包括乳腺导管等结构，就可能牵拉乳头导致内陷。据统计，约有少部分乳腺癌患者会出现乳头内陷的表现。炎症性疾病：乳腺的炎症性疾病，如乳腺炎等，在恢复过程中可能形成瘢痕组织，瘢痕组织的收缩会牵拉乳头，进而引起乳头内陷。
穿着因素
内衣不合适：长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳头造成压迫，影响乳头的正常发育和形态，长期如此容易导致乳头内陷。特别是青春期女性，如果过早穿着不合适的内衣，更易出现这种情况。束胸：一些不恰当的束胸行为，会限制胸部的正常发育，包括乳头的正常生长，从而增加乳头内陷的发生风险。
手术等医源性因素
乳腺手术：如果曾经做过乳腺相关的手术，比如乳腺肿瘤切除术等，手术过程中可能会损伤乳头周围的组织，术后恢复过程中如果组织修复形成瘢痕等，也可能导致乳头内陷。