乳头内陷主要是由多种因素导致的，其中先天性因素较为常见，约有20%的青春期女性可能存在不同程度的乳头内陷情况。
先天性发育异常导致
乳腺导管短缩： 胚胎发育时期，乳腺导管发育出现异常，导致导管短缩，牵拉乳头，使得乳头不能正常突出，这是先天性乳头内陷的常见原因之一。乳腺导管从乳头处向乳腺内部延伸，若导管发育较短，就会对乳头产生牵拉作用。乳头平滑肌发育不良： 乳头内部的平滑肌发育不完善，无法正常发挥作用来支撑乳头使其突出。正常情况下，乳头内的平滑肌可以在一些刺激下收缩，帮助乳头突出，当平滑肌发育不良时，这种功能就会受到影响。
疾病因素引发
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能导致乳头内陷，比如乳腺癌。乳腺癌组织浸润乳腺导管、韧带等结构，会引起乳头回缩内陷。不过这种情况相对较少见，但需要引起重视，乳腺癌导致的乳头内陷往往还可能伴有乳头皮肤改变、乳房肿块等其他症状。炎症性疾病： 乳腺部位的炎症性疾病，如乳腺炎等，在炎症修复过程中，可能会导致乳头周围组织粘连，进而牵拉乳头使其内陷。炎症引起的组织损伤和修复过程中形成的瘢痕组织会限制乳头的正常位置。
后天因素造成
穿着不合适的内衣： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳头造成压迫，影响乳头的正常发育，导致乳头内陷。特别是在青春发育期，如果内衣过紧，会限制胸部的正常发育，包括乳头的突出。手术损伤： 胸部的一些手术，如乳腺手术等，如果手术操作不当，损伤了乳头周围的组织，也可能导致乳头内陷。例如在乳腺肿瘤手术中，如果处理不当，可能会影响乳头的正常结构和位置。