早上起来小腿肌肉酸痛可能由多种原因引起。比如运动相关因素，若前一天进行了大量运动，尤其是无氧运动，像1 - 2小时的快跑、高强度的力量训练等，肌肉会产生乳酸堆积，就可能导致早上起来小腿肌肉酸痛。
运动相关因素
过度运动后： 当进行长时间或高强度运动时，小腿肌肉在运动过程中会进行无氧呼吸产生乳酸。如果运动强度过大，身体来不及将乳酸及时代谢掉，乳酸堆积就会刺激肌肉神经，引发酸痛。一般这种情况在运动后的1 - 2天内较为明显，尤其是早上起床时。运动姿势不当： 运动时姿势不正确，比如跑步时步伐过大、跳跃时落地姿势不对等，会使小腿肌肉承受异常的压力，造成肌肉细微损伤，也可能导致早上起来小腿酸痛。
肌肉劳损因素
长期久坐久站： 一些工作需要长期久坐或久站，像办公室文员、售货员等职业，小腿肌肉长时间处于紧张状态，血液循环不畅，容易出现劳损，进而在早上起来时感觉酸痛。通常每天久坐或久站超过6小时，就可能增加小腿肌肉劳损导致酸痛的风险。姿势不良： 日常生活中姿势不良，比如长期弯腰、驼背，会影响身体的力线，使小腿肌肉代偿性受力，长期下来也会引发肌肉劳损，出现早上小腿酸痛的情况。
疾病因素
腰椎间盘突出症： 腰椎间盘突出可能压迫支配小腿的神经，当神经受压时，会引起小腿肌肉放射性酸痛，这种情况往往还伴有下肢麻木等症状。一般腰椎间盘突出症患者中，约10% - 15%会出现下肢放射性疼痛，包括小腿酸痛。下肢血管病变： 如下肢静脉曲张、动脉粥样硬化等血管疾病，会影响小腿的血液循环。静脉曲张会导致血液回流不畅，动脉粥样硬化会使血管狭窄，影响血液供应，从而引起小腿肌肉酸痛。例如下肢静脉曲张患者中，约20%会在早上出现小腿酸痛的表现。