毛囊炎治疗效果较好的药物需根据具体情况选择，一般局部外用药物较为常用。比如莫匹罗星软膏，对于细菌感染引起的毛囊炎有一定效果，通常局部涂抹能起到杀菌消炎作用。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。一般直接涂抹在患处，每天2 - 3次。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性。局部涂抹后，可渗透进皮肤发挥作用，帮助减轻毛囊炎的炎症、红肿等症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌感染导致的毛囊炎，使用酮康唑乳膏就比较合适。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长繁殖。一般每天外用1 - 2次，涂抹于患处。特比萘芬乳膏： 同样用于治疗真菌性毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成受阻，起到抗真菌的效果。局部涂抹，每日1次即可。
中药外用制剂
如意金黄散： 这是一种中药制剂，用醋或蜂蜜等调敷后涂抹在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用，对于一些轻度的毛囊炎有一定的治疗效果。鱼石脂软膏： 具有温和的刺激性，能起到消炎、消肿、促进脓肿破溃的作用。适用于毛囊炎初期，有红肿疼痛等表现时使用，涂抹在患处，每日1 - 2次。