胚胎停止发育的原因较为复杂，据相关研究，约50% - 60%的胚胎停止发育与胚胎染色体异常有关。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 胚胎在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，这是导致胚胎停止发育最常见的原因之一。比如常见的三体综合征，如13 - 三体、18 - 三体、21 - 三体等，都会影响胚胎正常发育，最终致使胚胎停止发育。父母染色体异常： 若父母双方有一方存在染色体平衡易位、倒位等结构异常，就可能遗传给胚胎，从而干扰胚胎的正常生长，引发胚胎停止发育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。例如黄体功能不全，会使得孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，进而导致胚胎停止发育。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常范围，就可能存在黄体功能不全的情况。甲状腺功能异常也会影响胚胎发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响胚胎的生长发育进程，增加胚胎停止发育的风险。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会使母体全身血液循环不畅，无法为胚胎提供充足的营养和氧气供应，影响胚胎正常发育，导致胚胎停止发育。例如，糖尿病孕妇血糖控制不佳时，高血糖环境不利于胚胎生长。
子宫因素
子宫解剖结构异常： 如子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫的形态和结构异常会影响胚胎着床和发育空间，使得胚胎难以正常生长，容易出现胚胎停止发育。另外，宫腔粘连也会对胚胎造成影响，宫腔粘连会导致宫腔容积减小，限制胚胎的生长，增加胚胎停止发育的几率。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会影响子宫内膜的容受性，使胚胎难以着床和生长。子宫内膜息肉会占据宫腔内的空间，干扰胚胎着床，进而可能引发胚胎停止发育。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇体内存在自身抗体，如抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可与胎盘血管内皮细胞结合，导致血管血栓形成，胎盘血供减少，影响胚胎发育，引发胚胎停止发育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强，使得胚胎被母体免疫系统识别为外来异物，从而遭到攻击，导致胚胎停止发育。比如自然杀伤细胞活性过高等情况，都可能参与同种免疫异常导致的胚胎停止发育。