导致胎胚停止发育的原因主要有以下几点：
1.染色体异常：无论是精子还是卵子，只要携带基因遗传物质的染色体发生了异常，即使形成了受精卵，胚胎也不会正常发育。这是胎停育中最常见的原因，在自然流产的胚胎中，有60%~70%是由于染色体异常引起的。
2.免疫因素：妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母一胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。
3.内分泌失调：胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。
4.子宫异常：子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚胎有影响。内环境就是子宫内膜，如果太薄、太厚都会影响着床。由于子宫缺陷引起的流产约占10%~15%，例如子宫纵隔、子宫黏膜下肌瘤、子宫内口松弛等。
5.环境因素：妊娠期生理状态的改变、使母体对治疗药物和各种环境有害物质的吸收、分布和排泄发生了较大的改变，在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感，此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。
6.男方因素：有关研究显示，大约有10%的胎停育与男性有关，同样也可能是精子的问题，也可能是精子质量差，或精子畸形率高所导致。