先天性巨结肠主要的临床表现有排便延迟，多数患儿出生后24~48小时内无胎便排出或仅有少量胎便排出，需借助开塞露、灌肠等才能排便。
腹胀表现
腹部逐渐膨胀： 随着病情发展，患儿会出现进行性腹胀，肚子越来越大，有的宝宝肚子膨隆像青蛙肚一样。部分患儿腹胀明显时，可见肠型，也就是腹部能看到肠子隆起的形状。
呕吐情况
呕吐频率与程度不同： 新生儿期可能出现呕吐，呕吐物可为胆汁样物或粪便样物。年龄稍大些的患儿呕吐相对不那么频繁，但也可能有呕吐，呕吐物若含有粪便成分，提示肠道梗阻较严重。比如有的患儿会偶尔吐出带有奶块和黄绿色胆汁的物质，严重时呕吐物像拉出来的大便一样。
营养发育问题
影响营养吸收致发育迟缓： 由于肠道功能异常，食物不能正常消化吸收，患儿会出现营养不良、体重不增或增长缓慢的情况。在身高方面也可能落后于同龄儿童，外观上看起来比较消瘦，精神状态相对较差，对周围环境的反应不如正常宝宝灵敏。而且长期患病会影响孩子的整体生长发育，使得孩子的体格发育明显落后于正常儿童。
其他表现
肠道感染风险增加： 因为肠道正常蠕动功能受影响，肠道内粪便积聚，容易引发肠道感染，此时患儿可能出现发热、腹泻等症状，大便可能变得稀溏且伴有异味，严重时还可能出现脓血便等情况。另外，部分患儿可能会有烦躁不安的表现，这是因为身体不适导致的。